При добавлении нового сайта в Virtualmin вылезает пара косяков, если вы используете в качестве веб-сервера не Apache, а Nginx.
Последовательность действий:
1) Зайдите на веб-морду Виртуалмина, например https://yourdomain.com:10011/ и залогиньтесь. Затем нажмите Create Virtual Server и введите данные о вашем сайте. Не забудьте ввести в поле
Default database name имя новой базы. Также можно убрать флажок Allow Mailman mailing lists? - по-умолчанию будет ругаться, если оставить :) Пецкаем Create Server и ждем окончания всех процедур.
2) Идем в Edit Databases и создаем БД с именем, которое ввели в шаге 1 - БД не создается автоматически.
3) Теперь косяки. Статический контент отображаться не будет просто так :) Надо сделать следующее.
Идем по SSH на наш сервер, лезем в конфиг Nginx:
nano /etc/nginx/nginx.conf